НДФЛ с зарплаты, выплаченной в конце месяца, следует удержать при ее выплате. Перечислить налог в бюджет необходимо не позднее следующего рабочего дня (п. 4, 6 ст. 226 НК РФ).
Поскольку зарплата сотрудникам выплачивается в конце месяца, то именно в этот момент следует удержать НДФЛ. Так будет соблюдено требование п. 4 ст. 226 НК РФ об удержании налога в день фактической выплаты. Удержанный налог следует перечислить в бюджет не позднее следующего дня. Формулировка "не позднее" означает, что НДФЛ может быть перечислен либо в день удержания, либо на следующий за ним рабочий день.
Например, за июнь 2018 года зарплата должна быть выплачена в последний рабочий день месяца – 29 июня. НДФЛ с этих сумм следует удержать также 29 июня. Перечислить в бюджет налог следует либо в этот же день (29 июня), либо 2 июля (в соответствии с правилом п. 7 ст. 6.1 НК РФ: если срок уплаты приходится на выходной день, то он переносится на следующий рабочий день).
Оснований не удерживать НДФЛ при выплате зарплаты в конце месяца нет. Такой же порядок действий работодателя по удержанию и перечислению НДФЛ в бюджет с зарплаты, которая выплачена до окончания того месяца, за который она начислена